Em meados do século XVII, com o advento do método científico, inicia-se um período de grandes mudanças, chamado de revolução científica. Muitos grandes cientistas, com suas teorias e idéias, mudaram nossa percepção do universo: Galileo Galilei, Copérnico, Kepler, Bacon e, acima de tudo, Sir Isaac Newton.
Em Newton, os jogadores assumem o papel de um jovem cientista que quer se tornar um dos grandes gênios desse período. Para isso, eles viajam pela Europa, visitam universidades e cidades, estudam para descobrir novas teorias, constróem novas ferramentas e trabalham para ganhar dinheiro.